Panen merupakan suatu rangkaian kegiatan yang tidak terpisahkan
dari budi daya yang dilakukan secara berurutan. Pemanenan dapat
dilakukan setelah ada kepastian pemasaran. Panen juga dapat
dilakukan setelah masa pemeliharaan atau pembesaran yang sudah
berlangsung selama 4 - 6 bulan. Pada umumnya, ukuran ikan nila
unggul mencapai berat antara 400 - 600 gram/ekor.
Panen hendaknya dilakukan dengan cepat dan cermat supaya
tidak menimbulkan stres pada ikan. Cara panen dapat dilakukan
dengan dua cara, yaitu panen total dan panen sebagian. Panen total
dilakukan dengan cara mengeringkan kolam, tambak, sawah mina
padi, atau pengangkatan keramba jaring apung, sehingga semua ikan nila yang ada di dalamnya dapat tertangkap.
Panen sebagian atau panen selektit dilaksanakan dengan cara
memasang jaring atau jala dengan ukuran mata jaringnya tertentu
tanpa pengeringan kolam. Panen selektif sering dilakukan untuk
memanen ukuran ikan tertentu sesuai dengan kebutuhan atau
permintaan pasar. Panen selektif juga dapat bersifat penjarangan
(mengurang kepadatan), Sehingga ikan yang tersisa akan tumbuh
lebih cepat.
Panen ikan nila di kolam diawali dengan pengeringan air hingga
ketinggian tinggal 10 cm. Selanjutnya, dibuat petak pemanenan atau
petak penangkapan seluas 1 m2 di depan pintu pengeluaran. Selama
panen, air segar perlu dialirkan ke dalam kolam untuk mencegah
banyak ikan yang mati. Ikan yang berkumpul di bak-bak (kubangan)
penangkapan atau dalam saluran dapat langsung diserok atau
ditangkap.
Setelah panen selesai, kolam pemeliharaan dikeringkan dan
dilakukan persiapan kembali untuk pemeliharaan berikutnya. Panen
di Keramba Jaring Apung (KJA) dilakukan secara bertahap dengan
cara mengumpulkan ikan nila pada salah satu sisi, yaitu dengan
menarik salah satu sisi ke arah sisi lainnya. Panen ikan nila pada budi
daya mina padi disesuaikan dengan pola tanaman padi.
Kegiatan panen sebaiknya dilakukan pada pagi hari saat cuaca belum
panas menggunakan waring yang halus dan dikerjakan secara hati-hati dalam waktu yang cepat untuk menghindari luka pada ikan.
Budi daya ikan nila unggul secara monokuftur di kolam rata-rata
produksinya mencapai 25.000 kg/ha/panen, di Karamba Jaring
Apung (KJA) mencapai 1.000 kg/unit (50 m2)/panen atau 200.000
kg/ha/panen, dan di tambak sebanyak 15.000 kg/ha/panen.
Tempat penampungan hasil panen sebelum didistribusikan dapat
berupa kolam tanah, kolam beton, atau Keramba jaring Apung (KJA).
Hal penting yang perlu diperhatikan soal tempat penampungan hasl
panen adalah air yang masuk sebaiknya masih segar. Di dalam kolam
penampungan sebaiknya diberi perlakuan dengan desinfektan untuk
menjaga kesehatan ikan nila.